Conduzidos pela pedagogia de base franciscana e integrando novas abordagens pedagógicas, a metodologia de trabalho aplicada no Colégio Franciscano Pio XII busca o aprendizado dinâmico e cooperativo, a curiosidade, a investigação e a pesquisa, a capacidade de análise, síntese, julgamento e o desenvolvimento da força de caráter para a tomada de decisões consistentes, eficazes e éticas. Interdisciplinaridade, interculturalidade, contextualização, aprendizagem centrada em problemas, ou tarefas, são meios de fazer educação no Colégio Franciscano Pio XII.